همه می‏دانند كه ساحل زاینده رود سست و باتلاقى است و قابلیت ساختمان را دارا نمى‏باشد، شیخ بهایى به دستور شاه عباس مجبور بود كه در همین زمین سست و باتلاقى مبادرت به ساختمان یك مسجد و یك مدرسه نماید تا ساختمان‏هاى میدان نقش جهان تكمیل گردد.

 شیخ بهایى علاوه بر علوم دینى در دانش‏هاى ریاضى و مهندسى ساختمان نیز تبحر داشت از این رو براى شروع ساختمان در زمین باتلاقى زاینده رود دستور داد قطعات بزرگ و قطورى از ذغال چوب تهیه و آنها را در پى ساختمان نهادند و روى آنها را شفته ریزى كردند منتهى براى اینكه ملات خاك و آهك حسابى مخلوط گردیده و محكم شد در جلوى چشم كارگران ساختمانى و مردم اصفهان هر روز چند مشت سكه طلا به داخل شفته‏ها مى‏ریخت و از كارگران و مردم مى‏خواست كه سكه‏ها را براى خود پیدا كنند.

هر روز هزاران نفر از اصفهانى‏هاى بى كار به ساحل زاینده رود مى‏آمدند و پاها را برهنه كرده و به داخل شفته‏ها مى‏رفتند و با پاها و دست‏هاى تا آرنج لخت خود كوهى از خاك و آهك را زیر و رو مى‏ساختند تا سكه را پیدا كنند، بعضى‏ها با این جستجو موفق به پیدا كردن چند سكه مى‏شدند و به طمع پیدا كردن سكه بیشتر ملات خاك و اهك را بیشتر پا زده و زیر و رو مى‏كردند و به این ترتیب بهترین و زیادترین خاك و آهك را بیشتر پا زده و زیر و رو مى‏كردند و به این ترتیب بهترین و زیادترین خاك و اهك كه براى ساختمان مناسب بود به وجود آمد و مدرسه زیباى چهارباغ اصفهان در كنار ساحل سست زاینده رود بنا شد و امروز كه چهارصد سال از عمر این بناى زیبا مى‏گذرد هنوز در كمال استحكام قرار دارد و شاید كمتر كسى بداند كه این بنا چگونه ساخته شده است.